Ja, dieses kleine Wörtchen ist wirklich ziemlich verflixt, und da wären wir auch schon beim Punkt: Es bedeutet nämlich eigentlich nichts. Warum benutzen wir es dann so oft? In der Regel, um etwas zu verstärken, um einem Ausdruck Nachdruck zu verleihen (wir haben noch eine ganze Reihe von diesen Wörtchen, sie heißen Modalpartikel und haben alle die gleiche Funktion, wie z.B. halt, eben, doch, mal, etc.).
z.B. Ich komme ja schon, bedeutet: okay, okay, ich komme.
Das ist ja nett, bedeutet: das ist wirklich nett, oder so ähnlich :-)
Er kommt ja immer zu spät, ist ein bisschen resignativ.