2. Yo diría "¿crees que vale la pena...?"
El uso del indicativo es, sin duda, correcto.
Aun así, decir "crees que valga la pena..." no me suena mal. Hay veces que en la misma frase pueden utilizarse tanto el indicativo como el subjuntivo. Es posible que cambie dependiendo del país, pero en el tema de subjuntivo, en todos los países hispanohablantes estamos más o menos de acuerdo. Como ya te he dicho, yo usaría el indicativo en esa frase.