"Eure Majestät" ist die direkte Anrede. "Ihre Majestät", wenn man über den König usw. in der dritten Person spricht. Bevor die 3. Pers. Pl. als Höflichkeitsform benutzt wurde, benutzte man die 2. Pers. Pl. (wie auch jetzt noch im Französischen, und im Englischen hat sie sogar die alte 2. Pers. Sg. ersetzt). Dashalb "Eure Majestät", und das direkte Pronomen ist "Ihr".

Nicht ganz, wenn man über den König in der 2. Person spricht, heißt es "Seine Majestät", "Ihre Majestät" wäre richtig für eine Königin. Das funktioniert wie bei jedem anderen Substantiv auch, es heißt ja auch nicht "Hans geht in ihre Wohnung", wenn es seine eigene ist, bloß weil es "die" Wohnung heißt.