そのローマ字での書き方は同じ本か同じサイトで見ましたか。
ローマ字の long vowel 表記には、人によってサイトによって本によって違いがあります。ですから、ひらがなを覚えてからは漢字の読み方もローマ字ではなくて、「ふりがな」を見て覚えることをお勧めします。
There are differences how to write "long vowels" in roma-ji depending on the web site or book, etc. So I'd like to recommend you to see "furigana" for kanji insted of ones in roma-ji.
幽霊 (ゆうれい)
綺麗(きれい)
I hope this helps you.