Отличия в правовом статусе и месте расположения. Филиал в другом округе, городе. Имеет свой баланс, самостоятельно платит налоги Отделение в том же городе, что и головная фирма. Не имеет баланса, не платит налоги. Часть компании.

Наверное, лучше чем Борис, я бы не ответил! Отдел - как часть магазина или фирмы может быть. Отделение - это как часть, но в другом месте. Филиал - в другом городе.