Trabajamos - presente indefinite (мы работаем с ними). Estamos trabajando - presente continuous (мы (в данный момент) работаем с ними).

Hola Konstantin. Es difícil contestar a tu pregunta porque depende del contexto. Te voy a poner algunos ejemplos. 1) Carlos: Pablo, ¿Conoces a Manuel? Pablo: Claro, trabajo con él. 2)Carlos: Pablo, ¿Sabes algo de Manuel? Pablo: Sí, precisamente en este proyecto estoy trabajando con él. En el primer ejemplo Pablo trabaja habitualmente con Manuel, mientras que en el segundo Pablo no trabaja habitualmente con Manuel pero ahora sí está trabajando con él. 3) Carlos: Pablo, ¿Cuál es tu horario de trabajo? Pablo: Entro a las 9 de la mañana y salgo a las 5 de la tarde. 4) Carlos: Pablo, ¿Qué tal te va en el trabajo? Pablo: Muy bien, pero tenemos que terminar el encargo. Estoy entrando a las 7 de la mañana!! En el tercer ejemplo Pablo habla de su horario habitual de trabajo ("entro a las 9"), mientras que en el cuarto Pablo ha modificado su horario de entrada ("estoy entrando a las 7") porque tiene que terminar un encargo. Espero que te sirvan los ejemplos. Un saludo

La diferencia formal entre las dos formas es como dijo Mike. Pero lo que significa "trabajamos" es "we work," y lo que quiere decir "estamos trabajando" es "we are working."