Depende de lo que inquieras de tu interlocutor.
Si solo te preocupa saber si se ha entendido algo, puedes preguntar ¿me entiendes?.Si además te preocupa conocer si la otra persona ha hecho suyo el entendimiento puedes preguntar ¿me comprendes?.
Ejemplo. No voy a darte dinero. ¿me entiendes? . Me da igual que te preguntes el por qué de mi proceder; me basta con que sepas que no vas a recibir ni un centavo.
No voy a darte dinero porque lo gastarías en drogas ¿me comprendes?.Sabes que no te daré dinero pero quiero que comprendas por qué no te lo doy.
¿me has entendido? Espero que sí, pero comprende que no soy ningún experto en la enseñanza.