You can use any of them. / Puedes usar cualquiera de las tres.

Puedes decir cualquiera de las tres expresiones aunque, en mi opinión, "se entiende?" queda un poco extraño. Quiero decir que no suena natural en una conversación. Yo recomendaría en su lugar la expresión "lo entiendes?". Realmente es lo mismo que las anteriores pero es mucho más utilizada en castellano que "se entiende?". Igual que Johnny, te digo que lleves mucho cuidado con el tono porque es lo que marca la diferencia entre una pregunta retórica y una burla.

Las tres respuestas son posibles y tienen el mismo sentido. Si dices me entiendes, o me explico. Lo que dices es si la otra persona entiende lo que le quieres decir, si te has explicado bien. Si dices se entiende, te refieres a eso que has dicho, si eso es comprensible. Las tres vienen a decir los mismo. Lo que va a hacer que suene maleducado es el tono que emplees. Sobre todo con me entiendes o me explico. Cuando riñes a un niño por ejemplo, y le dices que no haga algo que tú no quieres que haga, le puedes decir al final de la explicación un; ¡me entiendes! o ¡me explico!, dejando claro que haga lo que tu dices.

Si, puedes emplear las tres maneras. No es maleducado :)

En casa y en los colegios aprendí que decir "¿ME ENTIENDES?" es rudo y maleducado. Es como decirle limítrofe o incapaz al interlocutor que nos escucha. Lo cortés, en mi círculo, era usar el "¿ME EXPLICO?" . Decir "ME EXPLICO" es aplicarme a mí mismo la responsabilidad de la comunicación que he liderado y, si no lo logro, la oportunidad de yo intentar buscar otras vías para hacer llegar mi mensaje. En síntesis: En mi mundo decir "¿Me entiendes?" es inaceptable... Sin embargo, comprendo que hay otros mundos donde no se aprecian, esos "matices".