Depende. Al ser una abreviatura de la palabra se usa como la original:
- EE. UU. aboga por retirar sus tropas de Afganistán.
- Alaska es parte de los EE. UU.
Por otro lado, ten en cuenta que la abreviatura de Estados Unidos se escribe EE. UU. tal como la ves aquí: doblando las letras, con los puntos y el espacio. Se dobla la E y la U porque es una abreviatura de una sola letra, entonces el plural hay que duplicarlo.