акцент делается, не на повторении каких-либо действий каждый день/ночь/утро, а на самом времени. Мы живем каждым днем(т.е.мы делаем это с помощью этого дня). С каждым днем(с помощью этого времени, с помощью дней которые я проживаю) я становлюсь мудрей

The second pair should be: Каждую ночь/Каждой ночью Both phrases mean the same. The ones in instrumental case are probably more 'literary' and 'elevated'.