Porque la persona que te escribió eso no sabe lo que quieres, por eso 'como quieras' implica duda y se usa el subjuntivo.

Esta es la explicación que encontré: Para expresar que una decisión depende de la persona a quien se dirige un imperativo

Pues yo uso el prefieras cuando estoy molesta o quiero mostrar que me da igual lo que quiere. Ejemplo con dialogo: Ana: -Te digo que ese ejercicio se resuelve así Pedro: -No, yo estoy en lo correcto. Ana -Entonces hazlo como tú prefieras.

Porque está en duda sobre lo que prefieres =)