Bonjour Li !
Je pense que la version avec le "y" est la plus commune, tout simplement parce que :
- c'est la même écriture que celle de l'infinitif
- de toutes façons on utilise l'"y" dans les deux conjugaisons avec "nous" et "vous"
- ça évite la confusion, car on pourrait penser que "paie", "paies" et "paient" se prononce comme "paix", "mais" ou "mai", alors que ce n'est pas le cas.