Significan exactamente lo mismo. Puedes usar cualquiera de las dos sin ningún problema. En la segunda parte de la segunda oración tienes que usar "habrías" también.

"Hubiera" y "hubiese" significan lo mismo pero donde yo vivo, "hubiera" es más común, más casual. Tal como Robinson dijo, la segunda oración también requiere que uses "habría" la segunda vez. Aunque hay gente que habla español de forma nativa que comete ese error de usar hubiese y habría donde no va, así que es probable que escuches a alguien diciéndolo así.