Den grammatiska förklaringen är att i en huvudsats kommer "inte" efter det finita verbet men i en bisats före det finita verbet. Hjälper det alls?
(Det finita verbet är det du böjer i satsen för att markera tempus, till skillnad från verb som står i infinitiv. I "Jag kan inte komma" är kan ett finit verb, och komma står i infinitiv – det heter ju "jag kommer", inte "jag komma".)