Es una expresión usada en España. En sentido figurado, quiere decir que se está hablando de algún tema que a alguien le molesta aunque no resulte evidente o se resista a admitirlo.
Parece provenir de un antiguo cuento, en el que un zapatero va a visitar a un sacerdote para decirle que quiere separarse de su mujer. El sacerdote le dice que no entiende por qué quiere separarse, puesto que la mujer es hermosa, buena cocinera y buena cristiana.
El zapatero le dice "Señor, mire usted mis zapatos, ¿qué le parecen?"
El cura responde "Parecen estar hechos con buena piel, estar bien hechos y ser bastante cómodos"
Y el zapatero finaliza: "En efecto, padre. Sin embargo, no puede usted saber dónde me aprietan"