"Creo que no" es más subjetivo, es la opinión del hablante sin más. "No lo creo", suena más a que el hablante está más seguro de que es así, en términos absolutos.

No hay gran diferencia, en muchos casos puedes usar las dos expresiones indistintamente. Pero quizás "No lo creo" o "No creo" tiene un matiz más fuerte, por ejemplo en el siguiente diálogo: -¿Ha encontrado Juan un nuevo trabajo? -Creo que no.||-No lo creo/no creo. La respuesta "Creo que no" simplemente quiere decir "Me parece que no ha encontrado un nuevo trabajo" o "Pienso que no ha encontrado un nuevo trabajo". Sin embargo, la respuesta "No lo creo" o "No creo", además de decir "Me parece que no...", también puede querer decir "Me parece que no, y me sorprendería que lo hubiese encontrado".

'creo que no' es una expresión que se dice cuando hay duda. Y 'no lo creo' se dice cuando está seguro.

Por lo general, en uso cotidiano, no hay diferencia.

Estimada Eliana, Existe también un uso en el cual sólo sería posible "no lo creo", cuando se quiere denotar asombro (I can't believe it!), en cuyo caso puede decirse "no lo creo" o "no lo puedo creer" . Por ejemplo, si alguien dijese: "Tuve que esperar más de 12 horas en el aeropuerto" ¡No lo creo! / ¡Qué desastre!, !no lo puedo creer! Saludos, Antonio