Son dos expresiones muy parecidas. La primera opción y más normal en España es decir "lo agradezco".
-Aquí tienes lo que me pedías.
-Gracias, te lo agradezco mucho.
En este caso sonaría raro decir "lo aprecio mucho".
Pero se podría decir "Gracias, aprecio mucho el esfuerzo que has hecho". Indica un sentimiento e incluso un afecto hacia la otra persona.