1) 오늘 아파서 학교에 가지 않았어요.
오늘 아팠기때문에 학교에 가지 않았어요.
오늘 학교에 가지 않았어요. 왜냐하면 아팠거든요.
2) 학교에 가야 해서 오전 6시 45분에 일어나야(만) 했어요.
학교에 가야 하기 때문에 오전 6시 45분에 일어나야 했어요.
오전 6시 45분에 일어나야 했어요. 왜냐하면 학교에 가야했거든요.
because in Korean as following :
At the start of a sentence, It is 왜냐하면(왜냐면)
At the middle of a sentence, as a conjunction, It is 때문에, ~서(~해서), ~니까(~하니까)
At the e nd of a sentence, It is 때문입니다. ~서에요(~해서에요), ~니까요(~하니까)
note that I explained all with polite expressions,
If you have more question feel free to mail me, as i don't think it's well enough explained.
I may add some later, because now I have to go sleep.
Cheers