As yucham-san answered, 「いま、先生の息子は、学生だった」is correct. However, you are right; the sentence is a bit confusing. You can avoid the misunderstanding by saying it differently like 「いま、先生をしている息子は、学生だった。」 「いま、先生である息子は、学生だった。」 「息子はいま先生だが、（前は）学生だった」 For your second question, you can use　の, である, change the verb, or change the sentence construction. 彼女は　ご主人が教師の　アリスだ。 彼女は　ご主人が教師をしている　アリスだ。 彼女は　アリスで、ご主人は教師だ。 *You have to use ご主人 for someone else's husband. 主人 is only for your own.

「いま、先生の息子は、学生だった」is correct. Or you can say, 「いま、先生(教師）をしている息子は、学生だった。」

He used to be a student. Now he is a teacher.

The sentence in English is strange. I wonder if you could write it in Chinese.