En este caso LO sustituye a un atributo (una broma) , no a un complemento directo. La oración principal con el verbo SER es atributiva, no predicativa. Ejemplos más claros serían: Katherine ES inteligente. Ella lo es. María ES profesora. Ella lo es. Espero haberte ayudado.

Dejame reformular la pregunta de una forma mas visual. A: ¿Es una broma? B: ¿Qué cosa es una broma? A: 'Lo' que acabas de decir (o 'lo' que me dijiste ayer por telefono, etc), ¿es una broma? B: No, no 'lo' es. Espero que quede claro, la pregunta es sobre 'lo' que se dice. No tiene nada que ver que broma sea femenino (la), nadie preguntaría si la propia broma es una broma :)

Si bien la broma es femenina, cuando usamos el objeto directo para reemplazar una oración usamos LO. Es una broma - No, no lo es. ( LO representa a toda la frase). ¿Caronlina está enferma? - Si, lo está. (LO representa a la frase "está enferma") Su hermana esta aquí, pero ella no lo sabe. (LO representa a "no sabe que su hermana está aquí" ). ¡Espero haber sido de utilidad! Si tienes otra pregunta no dudes en consultar ^-^