No es lo mismo.
La primera se refiere a que tenías antes más de 2 manzanas, por ejemplo puedes ser vendedor y tenías 40 manzanas, llega un cliente y quiere comprarte 1Kg, pero tú le respondes "no tengo, me quedan dos manzanas".
La segunda, siguiendo el mismo ejemplo tú puedes ser el cliente y te ofrecen muchas manzanas, pero solamente dos te gustan, entonces le dices "gracias, me quedo con dos manzanas."
1. I have 2 apples left.
2. I keep 2 apples.