You can see here the rule of "genitive of negation"
Она дома. Её НEТ дома. Она была дома. Её нé было дома (denying "SHE").
But Она была не дома (negation 'at home"), а на дискотеке. Она дома не былá (negation "was"), она гуляла.
Стол стоит у окна. У окна НЕТ стола. У окна нé было стола.