Non c'è nessuna differenza. Anche in molte espressioni più o meno fisse "nulla" può essere sostituito da "niente" e viceversa, e.g.:
Un buono a nulla/niente.
Non serve a niente/nulla.
Una cosa da nulla/niente.
Non dico/faccio nulla/niente di male.
- Grazie. - Di niente/nulla.
In altre, invece, è preferita solo una forma, anche se è più una questione d'uso che di significato, e.g.:
Nulla si crea, nulla si distrugge, tutto si trasforma.
O tutto o niente.