Di solito davanti i nomi delle regioni e nazioni si utilizza la preposizione "In" (esempio: In Francia, In Cina, In America), quindi in questo caso avrebbe dovuto essere "la presenza austriaca in Lombardia e in Veneto impedisce l'unificazione del nord d'Italia".
La grammatica italiana, comunque, è abbastanza complessa nel suo insieme, infatti nemmeno gli italiani stessi la ricordano bene se non si continua a seguirla dopo la scuola e, nel parlato comune, va anche peggio, perché in Italia ci sono circa 6000 comuni e 6001 lingue, l'italiano e i dialetti di ogni città! :)
Comunque ho sentito sia usare la preposizione articolata "sulla" che la preposizione semplice "in", ma grammaticalmente per indicare uno stato o regione grammaticalmente è corretta la preposizione "in".