Depende del contexto, "en" y "por" son preposiciones y no son lo mismo, el contexto dice mucho, te dice de qué se está hablando

No existe diferencia, son lo mismo escrito de forma distinta. Aunque en lo común "en el ...." sería lo más utilizado

Como bien han comentado otros compañeros, en y por son preposiciones. A efectos prácticos parecen lo mismo pero creo que si se matiza: - En el nombre de alguien: Significa que alguien actúa en su nombre. - Por el nombre de alguien: Significa que alguien actúa porque se lo ha ordenado otra persona.