La "e" solo se utiliza cuando la palabra que le sigue empieza con la letra "i", solamente ahí tienen el mismo significado, eso se debe a que suena muy feo decir la "y" seguida de "i". La forma correcta sería esta :
Juan estaba molesto e indignado.
Sofía e Inés llegaron tarde a casa.
En español se puede jugar con el orden de las palabras (sustantivos, adjetivos, nombres) sin que cambie el significado, utilizaré el mismo ejemplo para demostrarlo.
Ejemplos :
Juan estaba indignado y molesto.
Inés y Sofía llegaron tarde a casa.
Ambas oraciones son las mismas y tienen el mismo significado, sino quieres escribir la letra "e" solo cambia el orden de las palabras que dirás y así podrás utilizar la letra "y" . Eso ya queda a criterio del autor.