The difference is very slight. The meanings are almost the same, but the contexts in which they are used would be different. According to the Japanese Wikipedia: https://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%B7%A5%E5%A0%B4 「意味としては、工場（こうじょう）は大規模な所、工場（こうば）は小規模な所を示すことが一般的である。 小規模から中規模の工場（町工場）は、内陸地域に設置されることも多いが、石油や鉄鋼などの大規模な工場は、原料や製造した製品の搬出入の便を図るために、海岸沿いの臨海部に設置されることが多い。石油コンビナート、製鉄所などはそれ自体が非常に規模が大きく、また関連工場も多くは近隣に設けられ、一大工業地区を形成する。」 (Quoted from the above link) こうじょう refers to factories, mills, etc that operate on a large scale, such as oil and steel factories. こうば refers to those that operate on a much smaller scale, such as a factory that only produces products locally. This is the only difference that I have been able to find.

GoogleImageSearch it with 工場 and こうば and you can see the difference visually and quickly