Я поправлю написание (запятые):
1- Я не пойму, почему он себя так ведет.
2- Я не понимаю, почему он себя так ведет.
Мне кажется, что разницы в значении между этими фразами нет, но есть некоторая разница в стиле. Глагол "пойму" более разговорный, а глагол "понимаю" - более нейтральный, поэтому первая фраза звучит более разговорно (is more colloquial), чем вторая.
И еще: глагол "пойму" (в отличие от "понимаю") может употребляться только с отрицанием "не". Например:
- Что-то я не пойму, что он говорит
- Не пойму, как он это делает
и так далее
Все, что выше, относится к настоящему времени.
Обратите внимание, что "пойму" также может быть формой будущего времени: "Я потом это пойму" (I will understand it later), но в будущем "пойму" - это просто нейтральный глагол.