В данном случае, если мы хотим указать, что мы используем не весь объект, а его часть, мы меняем винительный падеж на родительный: Пью (что?) воду, выпил (что?) воду (всю), выпил (чего?) воды (какое-то количество воды).
Вопрос чередования падежей очень сложный. Нельзя сказать в настоящем времени "я пью воды" (правильно- я пью воду), в прошедшем времени "я пил воды" (правильно - я пил воду или выпил воды). Попробуйте то же самое с отрицанием: в настоящем времени "я не пью воду", "я не пью воды, только молоко" (не очень гладкая фраза, но иногда так говорят). В прошедшем времени можно сказать как "не пил воду", так и "не пил воды". В принципе, одно и то же, оттенок разницы иногда очень тонкий.
Лучше запоминайте на конкретных примерах, как используются падежи, а то запутаетесь.