Se desideri una parafrasi dettagliata:
Coglie da esso (= ne, avverbio che traduce il complemento di moto da luogo) il fiore più bello
Cioè: da un insieme di cose prende solo il meglio.
Nello specifico, l'Accademia della Crusca, a partire dal suo nome, ha tutta una simbologia legata alla natura e in particolare alla raccolta del grano e della separazione di ciò che è buono, il meglio (la farina) dagli scarti impuri (la crusca).