在暑假里我去了日本的时候，我也去了石垣岛。 在那里我坐了水牛车。我玩的很开心。

在暑假里我去了日本，我也去了石垣岛。 在那里我坐了水牛车。我玩得很开心。 时候 refers to the time at which something happened. So this time refers to "time to go, and it happened before you went to Japan" in your sentence, and not the time you stay in Japan. So the sentence can be corrected: 在暑假里我去了日本。 在暑假里我在日本的时候。 what a pity buffalo.

暑假里到日本旅游的时候，我去了石垣岛， 在那里坐了水牛车。我玩得很开心。

暑假我去日本的时候，去了趟石垣岛。 在那里我坐了水牛车。玩得很开心。

在暑假里我去日本的时候，我也去了石垣岛。 在那里我坐了水牛车。我玩的很开心。 In the structure “...的时候” we never add 了 because the verb phrase is simply a modifier of the “时候”. Even though this is a past event, the purpose here (in this sentence) is not to describe a past action but to specify a time. Again, 了 does not equal past tense in European language.