Une filiale est une entreprise appartenant à une autre entreprise plus grosse qu'elle (on appelle cette autre entreprise la "société mère"). Par exemple, une entreprise française peut avoir des filiales dans d'autres pays. Une filière a plusieurs sens, mais je dirais que le plus commun est un domaine/une activité. On parle de filière pour les études ("filière littéraire/scientifique") ou dans l'industrie et le commerce ("filière énergétique/agricole") par exemple.