根据我个人的总结，如果是对一个已存在的事情的肯定，就用“是”，比如：

你吃饭了吗？是的。

今天下雨了吗？是的。

你是学生吗？是的。

如果是对没有发生的事情的肯定，表示愿意接受，就用“好”，比如：

我们现在去吃饭？好的。

赶快写作业！好的。

明天别忘了带书来。好的。

这样区分“好”和“是”不一定全面，但是希望解释了你的问题。

谢谢helen