Климентий,
1) I have written - Я написал когда-то в неопределенном прошлом, может быть только-что, может быть месяц назад. Точное время не имеет значения.
2) I had written - Когда она приехала, я уже написал письмо.
She has written. Same as above 1)
3) I'll have written. К этому времени я уже напишу письмо.
She'll have written. Same as above 3)