Alors, la façon la plus naturelle de le dire est "D'où viens-tu ?" à l'écrit ! Á l'oral, ou en écrit informel, on préfèrera en effet "D'où tu viens ?" ou même "Tu viens d'où ?" Il faut se souvenir que "Tu viens" est pour les personnes que l'on connaît, ou les jeunes jusqu'à environ 18 ans et même un peu plus Tandis que "vous venez" se dit pour les personnes que l'on ne connait pas, plus âgées ou que l'on respecte.

"D'où venez-vous ?" (inversion du sujet et du verbe pour une question) est une question difficile à poser car elle peut insulter. Tu peux aussi utiliser "De quel pays êtes-vous originaire ?" et "Où avez-vous grandi ?"