Hi Billy,
I think that "I wonder what your true feelings are" is going to be あなたは本当はどう思っているのかな...。in our usual conversation between friends.(the formal sentence is あなたは本当はどう思っているのでしょうか or あなたの本音はいかがでしょうか?)
If I translate your frase direcly, 私はあなたの本音が何なのかふしぎに思う. But in my opinion it's not natural.
Hope it helps you.