1. Estoy preguntando a Manuel quién hizo eso. 2. Pregunté a Manuel quién había hecho eso. La forma más idiomática (lo que yo como nativa diría) es 3. Le estoy preguntando/ Le he preguntado a Manuel quién hizo eso. Puedes usar cualquiera de estas tres opciones, son correctas. También tus dos frases son correctas pero, como Diego, creo que querías preguntar quién. El truco para el estilo indirecto es conjugar el segundo verbo siempre en un tiempo verbal anterior al primer verbo. Ejemplo 1) Presente (Presente continuo) > Pasado (Pretérito perfecto simple) Ejemplo 2) Pasado cercano (Pretérito perfecto simple) > Pasado lejano, anterior (Pretérito perfecto compuesto) Saludos, Lucía.

-Estoy preguntando a Manuel quién hizo eso. Las frases 1 es correcta, pero no estamos preguntando quién sino si él lo hizo.