Ciao Felicia, quando si dice ''in aereo'' vuol dire che stai andando in un aereo per partire, invece se usi ''con l'aereo'' indica che già sai di quale aereo si tratta, cioè dove va e gli orari di partenza e arrivo. E' una sottile differenza, non è un errore.
''In aereo'' means that you'll get some airplane for to leave the city, but ''con l'aereo...'' is more appropriate and right when you know which kind of airplane will be, like when you could say departures.