When the verb of the primary sentence is one expressing wish, desire (example: volere, augurare), an opinion (exmple: credere, pensare, supporre), then the verb in secondary sentence (here as a direct object) needs to be in the subjunctive mood (il modo congiuntivo); not so if the verb in the primary sentence expresses certainty (example: sapere, dire). Examples: - cosa vuoi che io faccia? (ok) - cosa vuoi che lui faccia? (ok) - cosa vuoi che faccia? (ok, could be ambiguous, depends on the context) - cosa vuoi che faccio? (incorrect) - cosa dici che io faccio bene? (ok) - cosa dici che io faccia bene? (incorrect) - dove pensi che loro siano adesso? (ok) - dove pensi che loro sono adesso? (incorrect) - dove sai che loro vivano? (incorrect) - dove sai che loro vivono? (ok)

"Cosa vuoi che faccio?" is incorrect, since it requires the conjunctive: "Cosa vuoi che gli dica?" not "Cosa vuoi che gli dico?"

"Cosa vuoi che faccia" = "What do you want him/her to do?" "Cosa vuoi che faccio" = "What do you want me to do?"

Sorry, you're right. "Cosa vuoi che" is going to require the subjunctive, so "Cosa vuoi che faccia" = "What do you want me to do" or "What do you want him/her to do". "Faccio" wouldn't work here because the sentence requires the subjunctive.