Nowadays they are mostly used interchangeably: "Der Brief ist in/auf Deutsch geschrieben." But you'd use "auf" in a sentence like this: Was heißt "carpet" auf Deutsch? - Teppich. (What's "carpet" in German? - Teppich.) And you'd always have to use "in" when you're talking about the school subject: In Deutsch habe ich immer gute Noten. (I always get good grades in German)

http://bastiansick.de/kolumnen/zwiebelfisch/ist-in-deutsch-genauso-gut-wie-auf-deutsch/ http://german.stackexchange.com/questions/1748/wann-kann-man-in-deutsch-und-wann-auf-deutsch-verwenden