I think: En fait = in fact/actually (correcting something) En effet = in fact/indeed (showing that something is true with more information) ('indeed' isn't very common to say, though - it seems posh or old-fashioned) :)

Bon, ce n'est pas tout-à-fait pareil. "En fait" marque le contraste, l'opposition. "On pensait qu'il était fonctionnaire. En fait, il travaille à la Poste, mais sans avoir le statut de fonctionnaire". On aurait pu écrire "en réalité". "En effet" signifie "car". "Cette tâche lui paraissait tout-à-fait impossible. En effet, à cette période, tous ses ouvriers étaient exténués, et démotivés".