In Samurai period , most stores , restaurants and hotels put 屋 after their names. For example, 越前屋 pronounced えちぜんや. Still, some traditional Japanese Inn have this kind of name using 屋 . So, 本屋 is our traditional word for book store.

本屋と書店で意味に大きな違いはありません。現代ではどちらの言葉も使います。 ただし、厳密に言うと多少の違いはあります。 書店というのは近代に入ってから流通網が整理され大型店舗が設立されるようになってからの名称というのが一般的です。 一方、本屋というのは昔の時代からあった名称で歴史書を見ても「貸し本屋」として親しまれていました。 言葉がでてきた時代が違うだけで、現代の口語では本屋も書店も同じ意味で用法で使われています。

The meaning is same in 書店 and 本屋。 The difference is : 書店：usual or bookish 本屋：colloquial