Значение абсолютно одинаковое, просто можно сказать по-разному.
Так же, как и в других языках, например в английском:
Whose daughters? - Father´s daughters. (Чьи дочки? - Папины дочки.)
The daughters of whom? - The daughers of the father. (Дочки кого? - Дочки папы.)
Например:
Оконная рама. Рама окна. (Window framing / Framing of the window)
Человеческий разум. Разум человека. (The human mind / The mind of human)
Не всегда используются оба варианта, т.к. существуют уже устоявшиеся словосочетания, и в некоторых случаях замена может звучать нелепо.
Например, с местоимениями используется только первый вариант:
Мой дом. (Хотя в английском - My house / The house of mine)
В случае с сериалом, "Папины дочки" звучит аккуратнее, чем "Дочки папы". В русском языке говорят "маменькин сыночек" - "mommy´s little son", имея ввиду, что мальчик очень привязан к маме. Здесь же "папины дочки".Название сериала подчёркивает тот факт, что они воспитываются отцом.