いくつかの可能性が考えられると思います。
出典が宇宙を舞台にした作品等ならば、この「主」は、主人を意味している可能性があります。Kotaさんがおっしゃられているように「しゅ」と読んでもいいと思いますが、「あるじ」と読むのが、耳で聴いた時にわかりやすいものだと思います。作者の趣向によって、「ぬし」と読ませる可能性もあるかも知れません。そのような場合は、どこかにフリガナがつけられています。探してみてください。
また、「主は」は、「主に」の誤植である可能性もあると思います。この文章はわかりづらいものです。一読したときに、誤植だという考えが真っ先に浮かびました。