Gramaticalmente todas estas oraciones son correctas. Es decir, la estructura y orden que siguen las palabras es correcta, y las distintas combinaciones de tiempos verbales son compatibles. Ahora bien, para saber si estas oraciones son correctas semánticamente (en cuanto al significado o idea), habría que conocer el contexto lingüístico en el que está incluida cada una de ellas, es decir, necesitamos conocer el resto de la "historia". Así, podemos decir que todas estas oraciones pueden, sí, tener sentido.

Todas son gramaticalmente correctas y tienen sentido si están en un contexto significativo (semántico). Por ejemplo la número 4 tiene sentido si la ubicamos en un contexto en que la ABUELA hace memoria de un evento en el que su NIETO "tardaba tanto en regresar" y cuya razón o explicación se quedó por fuera de su comprensión (tal vez para siempre).

Como menciona Roberto Alonso, todas las formas que especificas son correctas. Sin embargo, su significado específico es distinto.

Hola! hay varias que son correctas, dependiendo de lo que estés diciendo y del contexto donde esté dicho. 1 La abuela no comprendía por qué su nieto tardaba tanto en regresar? CORRECTA 3. La abuela no comprendía por qué su nieto había tardado tanto en regresar? CORRECTA 5. La abuela no comprendió por qué su nieto tardó tanto en regresar? CORRECTA 6. La abuela no comprendió por qué su nieto había tardado tanto en regresar? CORRECTA Si necesitas una explicación de por qué están bien o mal, solo avísame. Saludos