"Buen día" se utiliza en un sentido algo diferente que "buenos días". "Buenos días" es equivalente de "good morning" y se utiliza como el primer saludo del día, por la mañana. Pero "buen día" se utiliza en algunas partes, por ejemplo en Andalucía, tanto al encontrarse como al separarse, para desear que el día en su conjunto vaya bien. Puedes usar la que más te guste, ambas expresiones son correctas.