En la segunda oración, 'pasan' y 'transcurren' funcionan perfectamente como sinónimos, ya que está claro que ambas se refieren DIRECTAMENTE al tiempo (sujeto de la oración). En cambio, en la primera oración no funcionan como sinónimos. Se usa 'transcurre' para referirse a las horas, ya que si dicen 'pasan', este puede referirse a 'Ella' (el sujeto), o a las horas.
Ejemplo: los niños pasan muchas horas en la escuela.
Más claro: si el sujeto es el tiempo, puedes usarlas como sinónimos; en otros casos, no.