Cristal y vidrio son usadas como sinónimos, por lo cual, puedes decir "ventana de cristal" o "ventana de vidrio" y ambas son correctas, no hay diferencia si la ventana es de una casa o un tren.

o ventanas en general

no veo mucha diferencia con la única excepción es que cristal es más común para carros y automóviles creo.