亲爱的儿子，不要灰心

其他人看到你，会以为你只是一个正常的十三岁的男生，因为他们看不到你在心里的秘密。
但是我一看你，就知道你与别人不一样， 我知道你面临的所有困难。
其他人一看你，就设想一个办不到的未来，而我一看你，就不能不禁想象到你会有一个不同的未来。 （Sorry I don't quite understand what you meant to say..but I corrected the sentence in the way I understand.）
其他人一看你，就像看到一个负担，（or 就视你为负担）而我一看你，就像看到我的幸福。
亲爱的儿子，不要灰心，长得跟其他人一样并不是一件绝妙的的事。
即使别人都避开你，妈妈永远都会在你的身边。

This is a beautiful poem, Beth. ^_^ 

I don't know if I've totally got what you really want to say to your son, but I just corrected it according to my understanding, and I also replaced some words with others which I think would be more “Chinese”, hehe.  Hope you'll like it. O(∩_∩)O~ And you are a great mother, Beth. I believe your son will get over all the difficulties with your love and encouragement. 

亲爱的儿子，不要灰心

别人看到你，会以为你只是一个普通的十三岁男孩，因为他们看不到你你内心的秘密；

但我一看到你，就知道你与他人不同--我知道你面临的所有困难。

别人看到你，会以为你的未来黯淡无光/毫无希望；

但我看到你，就不禁想到你的未来会与众不同。

别人看到你，会视你为负担；

但我看到你，就仿佛看到我的幸福。

亲爱的儿子，不要灰心，跟别人长得一样也非绝妙的事，

纵使别人都避开你，妈妈也会永远在你身边。

亲爱的儿子，不要灰心

其他人一看到你，就以为你仅仅是一个正常的十三岁的男生。他们看不到你在心里的秘密。
我一看你，就知道你与别人不一样。 我知道你所有的困难。
其他人一看到你，就设想一个办不到的未来，我一看到你就不能想象一个不同的未来。
其他人一看到你，就（只能）看到一个负担，我一看到你，就看到我的幸福。
亲爱的儿子，不要灰心，长得与其他人一样，并不是一件绝妙的的事。
即使别人都避开你，妈妈永远都会在你的身边。

Your Chinese is good, but not very correct. Our Chinese would not say that like this.Sorry, my English is bad. 你中文的中文表达已经很很好了，只是还不够准确（或者说是地道），所以我按照我的想法进行了修改。

如果是我，我会这样写：

亲爱的儿子，不要灰心 其他的人一见到你，会以为你只是一个普通的十三岁男孩。

可他们看不见你心里的秘密。 我一见到你，便知你与众不同（这是一个成语）。

我明白你所有的困难（如果程度更深，可以用“苦难”）。

其他人一见到你，就只能看到一个有限的未来。

我一看到你，却能看见一个不一样的未来。（I would like to use“无限的未来”）

其他人一看到你，就只能看到一个负担。

我一看到你，却能看到我的幸福。（Do you mean your son can make you happy）。

亲爱的儿子，不要灰心，长得与其他人一样，并非一件绝妙的的事。

即使别人都避开你，妈妈永远都会陪在你的身边。

P.S.The last correction have a fault.

“其他人一看到你，就设想一个办不到的未来，我一看到你就【不能】想象一个不同的未来。”

“其他人一看到你，就设想一个办不到的未来，我一看到你就【能】想象一个不同的未来。”