Eine "geheime Freundin" (oder "heimliche Freundin") ist eine Liebes-Partnerin bzw. Sexual-Partnerin eines Mannes, von dem seine Ehefrau (oder "offizielle" Freundin) und seine bzw. deren Familie nichts wissen. Man sagt, die beiden hätten eine "Affäre". Der Mann betrügt seine Ehefrau mit einer anderen Frau. Wenn herauskommt, daß der Mann eine zweite Frau hat, dann würde seine Ehefrau sich vermutlich scheiden lassen. Deshalb versucht der Mann, den Kontakt zu seiner zweiten Freundin geheim zu halten / zu verbergen. Er könnte zum Beispiel sagen, daß er auf Dienstreise fährt, aber stattdessen trifft er sich mit seiner Freundin in einem Hotel.
Man kann das Wort auch in einem anderen Sinn verstehen: Manchmal haben Jugendliche eine Freundin, ohne daß sie ihren Eltern davon erzählen. Man würde sagen: Sie haben heimlich eine Freundin. Insbesondere, wenn die Eltern sehr religiös sind und eine intime Partnerschaft nicht akzeptieren würden, kann das vorkommen.
SInce this has been pretty abstract and complicated I will also explain it in English: You would say that someone has "a secret girlfriend" if he has an affair besides a regular relationship or if he wants to keep the existence of his girlfriend secret for other reasons.